关于ITSITS2序列用于柴胡属药用植物

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亮点:

1、利用标准的DNA短片段(ITS/ITS2)作为物种标记进行鉴定,不受个体形态、大小等特征和完整性的影响,能直接从基因水平上提供丰富的鉴别依据。

2、ITS/ITS2序列可用于亲缘关系较近的柴胡属内各物种的基源鉴别,ITS2序列二级结构的分子形态差异也可以用于准确鉴别多种柴胡

研究背景

柴胡属约有种植物,我国分布就有42种,资源丰富,导致市场上柴胡药材种类繁多,加之掺杂伪混品现象,在一定程度上造成了柴胡属药用植物品种混乱和质量的良莠不齐,使得柴胡用药的安全性和有效性受到很大的威胁。利用传统的鉴别手段鉴别中药材对操作人员的专业能力要求较高,而且对准确鉴别药材基源有一定局限性,近年来研究表明DNA条形码分子鉴定方法可作为柴胡种属补充鉴别方法。

研究思路

1、选取不同来源柴胡样品做初步鉴定,提取总DNA后进行PCR扩增其ITS/ITS2序列

2、所得序列用CodonCodeAligner软件校对拼接,登录GenBank数据库下载柴胡基因序列

利用MEGA6.0对序列进行分析比对

3、通过计算种内、种间遗传距离,构建邻接树,应用ITS2数据库网站预测其ITS2二级结构等进行同源性分析

研究结果

1、柴胡序列比对

图示1

图示2

图示1为王亚丹等对85份柴胡进行序列比对得出54条为北柴胡且有4个变异位点,其余狭红柴胡1条、椎叶柴胡6条、黑柴胡3条、三岛柴胡1条,其他不属于柴胡属。图示2为夏召第等对藏柴胡与其易混品间进行序列比对,得出藏柴胡24条、北柴胡18条且有4个变异位点、红柴胡2条、椎叶柴胡1条、银州柴胡2条

2、构建聚类树

图示3

图示4

图示3为袁伯川等鉴定北柴胡与银州柴胡时所构建的NJ树,见北柴胡与银州柴胡很明显聚为两大支,其中北柴存在种内变异故在NJ树上继续分支。图示4为夏召第等对藏柴胡与其易混品间构建的NJ树,其中藏柴胡与北柴胡分别聚类,柴胡属内其它3个物种又单独聚为3小支且具有较好的单系性。两图均表明ITS/ITS2序列同样适用于亲缘关系较近的柴胡属内各物种的基源鉴别。

3、ITS2二级结构

图示5

图示6

图示5与图示6为王亚丹等与夏召弟等通过ITS2数据库及其网站预测得到的不同种柴胡ITS2的二级结构,发现不同种柴胡二级结构在中心环与4个螺旋区间均有显著差异,说明ITS2序列二级结构的分子形态差异也可以准确地鉴别柴胡属植物

三篇文献异同点分析

本篇评述由三篇文献总结而来,作者均是通过DNA条形码分子鉴定方法区分多种柴胡,并通过序列比对、构建聚类树、计算种间遗传距离等方法进行同源性分析。其中袁伯川等利用ITS条形码对北柴胡与银州柴胡进行了准确鉴定,而夏召弟等与王亚丹等则利用ITS2序列对柴胡属植物进行了准确鉴别,并且发现通过ITS2序列二级结构的分子形态差异也可以准确地鉴别柴胡属植物药。

材与其易混品。

参考文献

[1]袁伯川,马永生,杨瑞,周姗,林瑞超,刘颖.北柴胡与银州柴胡的ITS条形码鉴定研究[J]

.生物技术通讯,,27(01):-.

[2]夏召弟,刘霞,冯玛莉,席啸虎,仝立国.基于ITS2条形码鉴定藏柴胡及其易混品[J].中

草药,,51(23):-.

[3]王亚丹,韩晓妮,赵玉丹,雷天莉,韩凌,张跃飞,路金才.基于ITS2条形码鉴别市售柴胡

药材及其混伪品[J].中草药,,48(17):-.

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